随后的1990年与1996年，中方都曾因日本青年社在钓鱼岛上维修新建灯塔等事宜引发保钓风潮。但在21世纪前，中日关系的紧张对日本汽车在华销量的影响甚小。

        2000年，中国汽车市场盘子还并不大——汽车产销量均刚刚突破200万辆。彼时的日本汽车企业的业务重心仍在欧美等发达国家。加之网络尚未普及，民众对日的敌对情绪并未得以广泛传播与进一步激化。

        2001年至2005年，小泉纯一郎执政期间连续5年参拜靖国神社，使中日关系达到最低点，并被称为建交后两国关系“最糟糕的时期”。2004年一项对中国民众的“对日亲近感”调查显示，有22.4%的受访者认为“很不亲近”；31.2%的受访者认为“不亲近”；35.5%认为“一般”。

        但此时，在全球经济一体化浪潮下，中日民间经济领域的合作正进一步加深，出现了“政冷经热现象”。

        2005年2月9日，日本青年社把灯塔移交给了日本政府，日本政府随即由海上保安厅派员登上钓鱼岛，设立管理标志，正式将钓鱼岛“国有化”。时逢抗日战争胜利60周年，中国民众反日情绪到达了一个顶峰。

        小泉纯一郎执政期间，中日政治关系不断紧张，日本品牌在中国市场的份额却增加了8个百分点。2005年，日系车在华销量却遥遥领先，市占率为36%，是欧洲品牌的2倍左右，是美国品牌的3倍左右。

        小泉卸任后，继任者安倍晋三及福田康夫为中日关系的缓和，做出了诸多努力。

       2006年10月，时任日本首相安倍晋三访华开始了“破冰之旅”，他打破了中日关系僵化的局面。

       2007年4月，时任总理温家宝的“融冰之旅”拟定了改善中日关系具体的行动计划。

       2007年12月，时任首相福田康夫应邀访华，在被称为“迎春之旅”的访问中，福田康夫在北京大学发表演讲称，“只有认真看待过去，勇敢而明智的反省该反省之处，才能避免今后重蹈覆辙”。2008年5月，中国时任主席胡锦    涛访日，“暖春之旅”近一步推动中日关系升温，6月，双方就东海问题达成原则共识。

        这一期间，日本汽车企业在华发展进入快车道的时期。凯美瑞、CR-V的销售奇迹以及东风日产的快速崛起都发生在这一阶段。可以说，这一时期成为日本汽车企业在华的“蜜月期”。但随后钓鱼岛引发的冲突开始影响日本车企的在华发展。